第二季讲述的是“人类的敌人其实是人类”。承接第一季的末日环境，之前人类一直认为人类的敌人是神秘的巨人，但是到了第二季调查兵团的这些人突然意识到，这些巨人之中有些居然是人类变身而成的，进而他们怀疑巨人灾难背后真正的主使者是人类自己。